Hay dos maneras principales de obtener harina a partir de trigo. Puedes moler en piedra o en rodillos. Las principales diferencias (beneficios y contras) son las siguientes:
Moler en piedra
Beneficios:
- Mejor contenido nutricional: conserva el germen y el salvado, por lo que mantiene más vitaminas (E, B), minerales, antioxidantes y ácidos grasos.
- Sabor más intenso y complejo: el proceso lento y la inclusión del germen aportan notas más profundas, con matices a cereal y frutos secos.
- Tamaño de partícula más grande, menor índice glucémico.
- Harina integral real: la molienda en piedra mezcla los componentes del grano de manera natural, sin necesidad de recomponer la harina.
- Proceso artesanal y tradicional: asociado a la panadería ecológica y de calidad.
- Menor calentamiento del grano: las piedras giran más despacio que los rodillos, preservando ciertos nutrientes sensibles al calor.
Contras:
- Menor vida útil: al conservar el germen, la harina tiene más grasas que se enrancian con el tiempo.
- Menor homogeneidad: la molienda es menos uniforme, lo que puede complicar la absorción de agua y la fuerza del gluten.
- Rendimiento más bajo: el proceso es más lento y produce más pérdida de producto útil y mayor cantidad de energía necesaria.
- Difícil de adaptar a procesos industriales: no siempre da la misma regularidad ni permite grandes volúmenes.

Moler en rodillos
Beneficios:
- Mayor estabilidad y vida útil: se separa el germen, reduciendo la oxidación y el enranciamiento.
- Homogeneidad y control: permite obtener harinas con una granulometría y fuerza muy constantes.
- Ajuste técnico: el molino puede recomponer la harina para lograr el tipo exacto que se necesita (por ejemplo, fuerza, extracción, tipo 0, etc.).
- Rendimiento más alto y eficiente: mayor velocidad y aprovechamiento del grano.
- Apto para panificación industrial: ideal para procesos automatizados, mayor uso de maquinaria o masas congeladas.
Contras:
- Menor valor nutricional: al eliminar el germen y parte del salvado, pierde vitaminas, minerales y fibra.
- Sabor más neutro o plano: la harina refinada tiene menos matices aromáticos.
- Más procesamiento y fraccionamiento: es un proceso mecánicamente más agresivo, con mayor fricción, mayor temperatura y posible oxidación de nutrientes.
- Dependencia de aditivos: las harinas muy blancas a menudo requieren fortificación o aditivos para comportarse bien en panadería.

Resumen:
| Aspecto | Molida en piedra | Molida en rodillos |
| Nutrición | Más completa, con germen | Más pobre en nutrientes |
| Sabor | Más intenso y aromático | Más neutro |
| Homogeneidad | Menor | Mayor |
| Vida útil | Más corta | Más larga |
| Eficiencia | Baja | Alta |
| Panificación | Más imprevisible | Más estable |
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